Uma epiderme simples recobre o esqueleto e possuem endoesqueleto de placas calcáreas articuladas macroscópicas, distribuídas pelo corpo. O sistema digestivo é completo. Não possuem coração nem mesmo sistema circulatório típico. Existe, porém, um reduzido sistema de canais (canais pseudohemais), com disposição radial, onde circula um líquido incolor contendo amebócitos.
A respiração por difusão ocorre no sistema ambulacrário. Na cloaca do pepino-do-mar existem túbulos ramificados, as árvores respiratórias ou hidropulmões, que acumulam água para as trocas gasosas.
Não existe nenhum órgão especializado em excreção. Os catobólitos são levados por amebócitos aos pés ambulacrários, hidropulmões ou a qualquer estruturas exposta à água, que os elimina por difusão.
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